ATRI bekerja melalui struktur tata kelola berjenjang. Musyawarah Nasional adalah forum tertinggi yang menetapkan arah, aturan dasar, dan susunan kepengurusan; keputusannya menjadi rujukan bagi seluruh perangkat organisasi.

Pengurus menjalankan mandat organisasi sehari-hari. Pengurus Harian — Ketua Umum, Wakil Ketua Umum, Sekretaris Jenderal, dan Bendahara Umum — memimpin bersama para Ketua Bidang yang membawahi kerja teknis dan standardisasi, etik dan hubungan pemerintah, serta pengembangan industri dan organisasi.

Dewan Pengawas menjalankan fungsi pengawasan yang independen atas pelaksanaan mandat dan tata kelola, terpisah dari fungsi pelaksana. Pemisahan ini menjaga akuntabilitas organisasi.

Kerja substansi berlangsung di unit kerja dan komite. Di sinilah standar, referensi, dan posisi industri disusun melalui proses terbuka yang melibatkan anggota dan pemangku kepentingan, sebelum diangkat menjadi rekomendasi atau keputusan resmi.

Setiap keputusan resmi dicatat dalam Register Keputusan lengkap dengan nomor, versi, dan tanggal berlaku, dengan aturan dasar organisasi (AD/ART) sebagai acuan tertingginya — sehingga tata kelola ATRI dapat ditelusuri dan diperiksa oleh anggota maupun publik.